События второго сезона разворачиваются сразу за первым, после летних каникул в последнем семестре обучения Томоя в старшей школе.
Томоя признался в любви Нагисе, и теперь у них началась совместная жизнь. Но как не бывает света без тени, так не бывает и счастья без горя. Впереди героев ждут тяжелые испытания и потрясения...
Томоя Окадзаки – бездельник, уверенный, что жизнь скучна, а сам он ни на что не годен. Он ненавидит свой город. Вместе с другом Сунохарой они постоянно прогуливают школу и делают что им заблагорассудится.
Акари Мидзунаси вместе со своими подругами Айкой С. Гранчеста и Алисой Кэррол продолжает свои тренировки, чтобы стать ундиной-примой (профессиональным гондольером-гидом) в спокойном городе Нео-Венеция.