События второго сезона разворачиваются сразу за первым, после летних каникул в последнем семестре обучения Томоя в старшей школе.
Томоя признался в любви Нагисе, и теперь у них началась совместная жизнь. Но как не бывает света без тени, так не бывает и счастья без горя. Впереди героев ждут тяжелые испытания и потрясения...
Томоя Окадзаки – бездельник, уверенный, что жизнь скучна, а сам он ни на что не годен. Он ненавидит свой город. Вместе с другом Сунохарой они постоянно прогуливают школу и делают что им заблагорассудится.
Вот откуда бы муми-троллям узнать о приближающейся комете? Конечно же, от философа, мистера Ондатра, который так кстати решил немного пожить в муми-доме, потому что муми-папа совершенно случайно разрушил его дом...