На Земле свирепствует неизвестный вирус – медуза. Заражённые им медленно превращаются в камень. Эпидемия распространяется по планете с ужасающей скоростью. 160 счастливчиков ложатся в криогенный сон в надежде, что в будущем создадут вакцину от вируса. Через неопределённое время сон внезапно прерывается и «счастливчики» обнаруживают себя в мире, заросшем терниями и кишащем ящероподобными монстрами. Сколько они проспали? Что случилось с цивилизацией? И смогут ли они излечиться от медузы?
Идет война с таинственными пришельцами. Первый же бой для нового рекрута Объединённого Фронта Обороны Кэйдзи оказывается последним. Но, вместо того, чтобы спокойно отойти в мир иной, он попадает во временную петлю.
2114 год, после убийства Макишимы Шого и исчезновения Когами Синьи прошло почти 2 года. Тсунемори Акане все так же работает инспектором в бюро общественной безопасности и по своему пытается противостоять решениям Сивиллы.