Сиквел к оригинальной игре MuvLuv, действие которого происходит в альтернативной Вселенной и где Земля захвачена внеземным агрессором.
Однажды студент школы-интерната Такеши просыпается и обнаруживает, что переместился в совсем иной мир. Вскоре он узнает, что его единственный шанс на возвращение домой - это объединение с группой воинов (разумеется, это амазонки местного разлива на любой вкус и цвет). Только вот сильно они похожи на друзей и одноклассников из реального мира Такеши, как внешне, так и характером...
Такеру просыпается в своей комнате спустя 3 года после событий, описанных в Muv-Luv Unlimited. Поначалу он думает, что все, что с ним было это всего лишь сон, но выйдя за пределы дома, постепенно приходит осознание того, что это не так.
Юи переводится в новую школу в пригороде и становится одноклассницей Рё. Девушка больна смертельным заболеванием, но у нее есть мечта, о которой она никому не может рассказать, однако Рё хочет помочь ей осуществить ее. Только вот сможет ли он помочь Юи, ведь смерть не спрашивает, а просто забирает.
На параллельную Землю, по развитию похожий на наш мир середины XX века, явились таинственные захватчики - Неурои. Их удары опустошили целые страны, а обычное земное оружие оказалось бессильно против пришельцев.