Третий и последний фильм из трилогии. В отличие от двух других фильмов, не является пересказом событий сериала.
После того, как Мадока перестроила Вселенную, Хомура живет в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей все еще проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться с своим одиночеством после расставания с Мадокой. В фильме также появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ.
Любящая семья, надежные друзья, радость и печаль, смех и слезы — эти слова делают жизнь 14–летней Мадоки Канамэ, японской ученицы второго класса средней школы города Митакихара, такой, какую люди называют обычной и ничем не выделяющейся.
Главной героине, юной Мадоке Канамэ, и ее подруге, Саяке Мики, предстоит встретиться с загадочным существом Кюбэем и влиться в водоворот событий, включающим в себя управление магией и сражения с ведьмами.
Короткое четырехминутное видео, которое служило сюрпризом на юбилейном сороковом мероприятии студии SHAFT, что состоялось зимой 2015 года в Мадогатари.