Одной теплой японской ночью 2006 года, два брата Мутта и Хибито увидели, как НЛО, вылетев из воды, устремилось на Луну. В тот самый день они поклялись друг другу, что когда-нибудь станут космонавтами. Так начинается эта история.
Манга «Спокойной ночи, Пунпун» с виду похожа на обычную школьную историю об обычных школьниках. Но только с виду. Уже с первых страниц в глаза бросается карикатурное изображение главного героя — маленькая птичка. И это только начало, далее на сцену выходят ещё более потрясающие своей нелепостью персонажи.