Действие «Полного затмения» происходит в том же мире, что и «Альтернатива».
На 18 полигоне базы Юкон, располагающейся на Аляске, собираются вместе честь и гордость своих стран – лучшие из лучших. И призваны они были для работы над тактическими истребителями нового поколения.
Центральными персонажами в этой манге являются пилоты и инженеры, которые не были показаны в «Альтернативе».
Такеру просыпается в своей комнате спустя 3 года после событий, описанных в Muv-Luv Unlimited. Поначалу он думает, что все, что с ним было это всего лишь сон, но выйдя за пределы дома, постепенно приходит осознание того, что это не так.
Главная героиня этой манги гениальная прима балерина Кацураги Анна, поступив в старшую школу, мечтает о жизни обычной страршеклассницы, но не тут то было.
Хотя Комачи родилась в семье врача, она жутко боится крови, не занимается спортом и очень застенчивая. Единственное, что у нее получается – это учеба, но и тут ей не повезло: Комачи завалила вступительный экзамены.