Второй класс средней школы: у Юкитэру Амано вечные проблемы с общением со сверстниками, а потому, считая себя сторонним наблюдателем, он записывает всё, что видит себе в дневник на мобильный.
Терзаемый одиночеством, Амано начинает выдумывать разные вещи, как например воображаемый друг по имени Деус Экс Машина, который несомненно является повелителем времени и пространства. Глядя на плачевное состояние Юкитэру, Деус дает ему новые способности — в его дневнике теперь появляются события, которые только должны произойти в ближайшем будущем, а записаны они с поразительной точностью.
Правда заключается в том, что такой «мобильный дневник будущего» есть не только у него одного, и теперь он вынужден участвовать в смертоносной игре, победитель которой станет преемником Деуса.
Действия серии происходит спустя некоторое время после завершения оригинального сериала. По ходу сюжета мы встречаемся со всеми главными героями (хранителями дневников) сериала и узнаем, что Деус все еще не может решить, каким образом избрать нового бога, а ведь времени осталось совсем мало.
Игра, в которой проигравший лишается всего, включая жизнь, а победитель становится наследником бога, повелевающим временем и пространством. В качестве помощи "дневник будущего", в котором записаны события из будущего.
В новом учебном году Рюдзи Такасу узнаёт, что оказался в классе не только со своим лучшим другом Юсаку Китамурой, но и с Минори Кусиэдой - девушкой, в которую он давно и безнадежно влюблен.
Каори Фудзимия - замкнутая старшеклассница. Решив, что хочет дружить с ней так или иначе, Юки Хасэ пытается сблизиться с Каори, поэтому каждый день он начал обедать с ней на крыше.